外贸企业在取得货物运输专用发票时，需要根据实际业务分情况处理：

01涉及出口业务，且该出口收入是免征增值税的

该笔收入所对应的运输专用发票是不能进行抵扣的，需在电子税务局进行“不抵扣勾选”操作或者抵扣后再做进项税额转出操作。 并将该进项税额结转至成本费用类科目，如“管理费用”“销售费用”等。

02涉及出口业务，但该出口收入是按内销处理的

视同内销处理的货物，其相关的运输发票，若符合增值税抵扣规定，则该笔收入所对应的进项税额是可以进行抵扣的。

实务操作中，出口货物境内段运输发票建议不要取得专用发票，申请开具普通发票（含税）就可以，运费普通发票（含税）不用做认证做进项税额转出，且运费普通发票（含税）一样符合单证资料要求，操作更省心。

政策依据：

《中华人民共和国增值税法》

第二十二条　纳税人的下列进项税额不得从其销项税额中抵扣：

（一）适用简易计税方法计税项目对应的进项税额；

（二）免征增值税项目对应的进项税额；

（三）非正常损失项目对应的进项税额；

（四）购进并用于集体福利或者个人消费的货物、服务、无形资产、不动产对应的进项税额；

（五）购进并直接用于消费的餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务对应的进项税额；

（六）国务院规定的其他进项税额。