企业海关注册编码是企业在进行海关业务时的重要标识，其变更可能会影响到企业在海关的相关记录和手续。当企业申请出口退税时，海关会根据企业的注册编码来核实和追踪相关的出口记录，所以在海关注册编码发生变更时，如果企业未及时进行更新，海关可能就无法准确匹配到企业的出口记录，从而影响后续的出口退税申请事项。

那么当企业的海关注册编码发生变更时，又该如何处理呢？

首先企业应向所在地海关确认是否可以做新旧编码并存的备案申请，如果可以申请并存，则携带相关资料去现场申请审批，新旧编码并存有效期一般为3个月。并存后，企业可以通过切换新旧编码查询对应的出口货物报关单信息。企业应在新旧编码并存期间处理完所有旧编码下的出口货物退税申请工作，最后再向税务机关提交变更备案申请，变更完成后，出口退税系统就可以按新的海关注册编码进行操作了。

如果企业向所在地海关确认无法申请新旧编码并存，则只能在完成旧编码下所有出口货物的退税申报工作后，才能正式去申请变更成新的海关注册编码。

另外也需提醒一下，在整个变更过程中，请务必保持报关单、发票、收汇凭证等单据的一致性与完整性，避免因信息不一致导致出口退税审核的不通过。