‌出口收入与营业收入存在差异的主要原因包括以下几种‌：

‌① 收入确认方式不同‌：企业在确认收入时采用不同的方式，例如FOB方式确认收入与非FOB方式确认收入，这就会导致出口报关金额与税务申报的出口收入不一致‌。

② 收入确认的时间有差异：税务系统统计的是出口当年全年的数据，如果企业有将收入确认到下个年度的情况，就会造成有差额了。

③ 汇率差异‌：出口收入通常是以外币计价，汇率的波动会直接影响外币兑换成本币的金额。当汇率发生较大变化时，出口收入的本币金额也会相应产生差额‌。

④ 退货和折扣‌：在实际操作中，如果企业在出口过程中提供了折扣或优惠，或者有退货等情况，那么实际的营业收入可能就会低于出口金额‌。

⑤ 其他因素‌：包括出口报关名称被冒用、未做备案的代理出口等也可能导致出口收入与营业收入之间存在差异。‌